東京地方裁判所 平成１０年（行ウ）１９１号 判決 2000年11月30日
原告 日本スリーエス株式会社
被告 杉並税務署長事務承継人日本橋税務署長
代理人 黒澤基弘 川上昌 ほか２名
主文
一 原告の請求を棄却する。
二 訴訟費用は原告の負担とする。
事実及び理由
第一請求
被告が原告の平成五年四月一日から平成六年三月三一日までの事業年度の法人税について平成八年六月五日付けでした更正処分のうち総所得金額一億一六八六万三三八三円、納付すべき税額四二二一万八七〇〇円を超える部分及び過少申告加算税賦課決定処分のうち過少申告加算税額二〇九万九〇〇〇円を超える部分を取り消す。
第二事案の概要
原告は、原告の子会社であるスリーエス総研株式会社（以下「スリーエス総研」という。）及び株式会社ホロニック（以下「ホロニック」といい、スリーエス総研と合わせて「本件子会社」という。）に対する貸付債権が不良債権化していたところ、平成五年四月一日から平成六年三月三一日までの事業年度（以下「本件事業年度」という。）においてコンサルティング収入を期待できることとなったことから、これを機会に右不良債権を処理しようと考え、本件子会社の発行する増資新株式を額面価額に比べて高額で引き受けて、右株式を株式会社セムヤーゼ（以下「セムヤーゼ」という。）に低額で譲渡することによって有価証券売却損を計上し、確定申告の際に、右払込金額と売却価格の差を有価証券売却損として計上して申告した。また、本件子会社は、右の増資払込金をもって原告に対する債務を弁済した。これに対して、被告が、法人税法（以下「法」という。）一三二条を適用して、右新株式の取得価格は額面価格であると認定し、原告は有価証券売却損を過大に計上しているとして、更正処分及び過少申告加算税賦課決定処分をしたため、原告が右の各処分の取消しを求めるものである。
一 前提となる事実（当事者間に争いのない事実である。）
原告がスリーエス総研及びホロニックの株式を取得し、増資払込みをした上でセムヤーゼに譲渡した一連の行為（後記３ないし８の行為。以下「本件一連の行為」という。）に関する事実の経緯等は以下のとおりである。
１ 原告とスリーエス総研等の関係について
（一） 原告と原告代表者杉山賢一（以下「杉山」という。）の関係について
原告は、昭和四一年一〇月二一日に設立された株式会社で、法二条一〇号に規定する同族会社である。杉山は、昭和三七年七月に税理士として登録し、昭和五九年一二月以来原告の代表取締役である。
（二） スリーエス総研について
スリーエス総研（現在の商号は株式会社エムピー経営である。）は、平成元年三月三一日に原告が全額を出資して設立された株式会社で、平成五年一一月末において原告が発行済株式の全部を所有する同族会社であった。
（三） ホロニックについて
ホロニックは、昭和四四年七月九日に設立された株式会社で、３記載のとおり、平成五年一一月末において原告が発行済株式の全部を保有する同族会社であった。
（四） セムヤーゼについて
セムヤーゼは、平成元年一二月二二日に設立された株式会社で、平成五年一一月末において杉山は発行済株式の二一パーセントを所有するにとどまり、非同族会社であった。
２ 原告の平成五年度のコンサルティング業務について
原告は、平成五年一二月三日に相互タクシー株式会社（以下「相互タクシー」という。）と相互タクシーグループ活性化のためのコンサルティング契約に関する基本契約を締結し、コンサルティング業務をコンサルティング料金合計一七億五〇〇〇万円で受託した。
また、右業務に係る各種役務の提供を受けるために、原告は、訴外株式会社エスティエム外四社と受取手数料配分契約を締結した。
右各契約の結果、本件事業年度において四億二〇〇〇万円の利益の発生が見込まれた。実際には、右コンサルティング業務に係る本件事業年度の利益は四億四〇四三万〇九七一円であった（以下「本件利益」という。）。
３ ホロニック株式の取得について
原告は、杉山と平成五年九月一一日に株式贈与契約を締結し、ホロニック株式七万八〇〇〇株（発行済株式の全部）を無償で取得した。
４ ホロニックの増資について
（一） ホロニックは、平成五年一二月一日及び一七日に開催した取締役会において、別表２<略>のとおり株主割当増資を行う旨決定した。
（二） 原告は、平成五年一二月一六日及び一七日に開催した取締役会において、別表３<略>のとおり、右（一）のホロニックの株主割当増資を引き受ける旨決定し、平成五年一二月一六日及び一七日に別表４<略>のとおり、ホロニックに対して新株式の申込みを行った。さらに、原告は、平成五年一二月一六日及び一七日に別表４<略>のとおり、合計五億円の払込みを行った。
この結果、原告は、右３の七万八〇〇〇株と合わせて合計八万八〇〇〇株（発行済株式の全部）のホロニック株式を所有することになった。
５ スリーエス総研の増資について
（一）スリーエス総研は、平成五年一二月三日に開催した取締役会において、別表５<略>のとおり、株主割当増資を行う旨決定した。
（二） 原告は、平成五年一二月一五日に開催した取締役会において、別表６<略>のとおり、右（一）のスリーエス総研の株主割当増資を引き受ける旨決定し、同日、別表７<略>のとおり、スリーエス総研に対して新株式の申込みを行った。さらに、原告は、平成五年一二月一五日に別表７<略>のとおり、二億三〇〇〇万円の払込みを行った。
この結果、原告は、スリーエス総研の株式を平成元年三月三一日に取得した二〇〇株と合わせて合計三六〇株（発行済株式の全部）所有することになった。
６ ホロニック株式の譲渡について
（一） ホロニックは、平成五年一二月二九日に開催した取締役会において、原告が所有するホロニック株式八万八〇〇〇株のうち三万三〇〇〇株をセムヤーゼに譲渡することを承認した。
（二） 原告は、セムヤーゼと平成五年一二月二九日に株式売買契約を締結し、ホロニック株式三万三〇〇〇株を八万八〇〇〇円で譲渡した。
７ スリーエス総研株式の譲渡について
（一） スリーエス総研は、平成五年一二月一一日に開催した取締役会において、原告の所有するスリーエス総研の株式の全部である三六〇株をセムヤーゼに譲渡することを承認した。
（二） 原告は、セムヤーゼと平成五年一二月二九日に株式売買契約を締結し、スリーエス総研株式三六〇株を三万六〇〇〇円で譲渡した。
８ 原告の確定申告と有価証券売却損の計上について
原告は、本件事業年度に係る法人税について、法定の申告期限までに申告し、その際、右６（二）及び７（二）の株式の譲渡に係る損失として四億二七四六万四〇〇〇円を有価証券売却損として損金の額に算入した。
９ 更正処分等の経緯
（一） 被告は、平成八年六月五日付けで、所得金額を五億一八七八万〇〇三七円及び法人税額を一億九二九三万七六〇〇円とする更正処分（以下「本件更正処分」という。）並びに過少申告加算税の額を二四六一万五五〇〇円とする過少申告加算税賦課決定処分（以下「本件賦課決定処分」といい、本件更正処分と合わせて「本件更正処分等」という。）をした。
（二） 原告は、本件更正処分等のうち所得金額一億一六八六万三三八三円を超える部分について不服として、平成八年八月二日、国税不服審判所に対して審査請求をした。
（三） 国税不服審判所長は、原告の審査請求に対し、いずれも棄却する旨の裁決をし、裁決書謄本を平成一〇年六月三〇日付けで原告に送達した。
二 争点
原告の確定申告、被告の本件更正処分等及びその後の不服申立ての経緯並びにその税額等は別表１<略>記載のとおりであるところ、本件更正処分等における加算及び減算の内訳並びに税額の算出過程は次の表のとおりであり、<１>ないし<３>及び<10>の各項目については争いがない。
項目
No.
金額
申告所得金額
<１>
六〇八六万八七一四円
加算
支払顧問料の過大計上額
<２>
四一六七万九六一二円
前期損益修正損の過大計上額
<３>
一四三一万五〇五七円
有価証券売却損の過大計上額
<４>
四億〇七七一万三〇〇〇円
寄付金の損金不算入額
<５>
七億一一二〇万三六五四円
加算金額合計
（<２>＋<３>＋<４>＋<５>）
<６>
一一億七四九一万一三二三円
減算
寄付金の損金算入額
<７>
七億一七〇〇万〇〇〇〇円
差引所得金額（<１>＋<６>－<７>）
<８>
五億一八七八万〇〇三七円
所得の金額に対する法人税額
<９>
一億九四五四万二五〇〇円
控除所得税額
<10>
一六〇万四八六八円
差引法人税額
<11>
一億九二九三万七六〇〇円
確定申告に係る法人税額
<12>
二一二二万〇六〇〇円
納付すべき法人税額
<13>
一億七一七一万七〇〇〇円
過少申告加算税額
<14>
二四六一万五五〇〇円
被告は、本件一連の行為のうち、前記一４及び５のとおり原告がスリーエス総研及びホロニックの新株を引き受けたことについて、法一三二条の規定を適用して、いずれの新株の引受についても、額面価格で新株を引き受けたものであり、払込価格と額面価格との差額は、寄付金に該当すると認めたものと主張する。そして、被告は、有価証券売却損の算定に当たって、取得価格は額面価格であるとして右<４>の有価証券売却損の過大計上額を算出し、また、寄付金に該当するとした部分についての損金算入及び損金不算入の計算をして（<５>及び<７>）、本件更正処分等を行ったと主張する（なお、前記各争いのない項目を前提とし、原告の所得金額が<４>、<５>及び<７>のとおり加減されるとした場合に、法人税額等が<６>、<８>、<９>及び<11>ないし<14>の数額になることは計数上明らかである。）。
これに対し、原告は、被告が法一三二条を適用して原告の行為又は計算を否認したことの適否を争い、法施行令三八条一項一号によって、払い込んだ金額をもって有価証券の取得価格になるのであるから原告の確定申告に係る有価証券売却損の計上に誤りはない旨主張して本件更正処分等は違法である旨主張する。また、原告は、本件更正処分等は法一三〇条二項で要求されている更正の理由の附記に不備があるため違法であり、さらに、本件賦課決定処分は、原告の確定申告に係る行為計算には不当性がなく、国税通則法六五条四項の「正当な理由」があるから、違法であると主張する。
したがって、本件の争点は、以下のとおりである。
１ 本件一連の行為について法一三二条を適用して有価証券の取得価格が額面価格であってそれを超える払込金額は寄付金に該当するとしたことが適法かどうか
２ 更正の理由の附記に不備があるかどうか
３ 本件更正処分の納付すべき税額の計算の基礎となった事実が原告の確定申告に係る税額の基礎とされていなかったことについて国税通則法六五条四項の「正当な理由」があるかどうか
三 争点に関する当事者の主張
１ 争点１（本件一連の行為について法一三二条を適用して有価証券の取得価格が額面価格であってそれを超える払込金額は寄付金に該当するとしたことが適法かどうか）について
（被告の主張）
（一） 法一三二条の趣旨・要件について
法一三二条は、同族会社等の行為又は計算で、これを容認した場合には法人税の負担を不当に減少させる結果となると認められるものがあるときは、その行為又は計算にかかわらず、税務署長の認めるところにより、その法人に係る法人税の課税標準若しくは欠損金額又は法人税の額を計算することができる旨規定している。この規定の趣旨は、同族会社は会社の意思決定が少数の株主等の意図により左右されるので、租税回避行為を容易になし得るところから、これを是正し、租税負担の公平を図ろうとするものである。すなわち、同族会社等の行為又は計算が、専ら経済的、実質的見地において当該行為又は計算が通常の経済人の行為として不合理、不自然なものと認められ、当該行為又は計算に基づいて算出された税額と通常あるべき行為又は計算に引き直して算出された税額との間にかい離が存し、同族会社等の法人税に相当程度の減少が認められるときには、右規定を適用し、これを通常あるべき行為又は計算に引き直し、納付すべき税額を計算しようとするものである。
（二） 本件の検討
(1) 本件一連の行為は、本件利益を消去するために行ったものであり、以下のとおり経済人の行為としては極めて不自然、不合理であり、法人税の負担が不当に減少する結果となることは明らかであるから、法一三二条の規定を適用すべき行為である。
ア 原告は、一株当たりの発行価額が五〇〇円であるホロニック株式に対して右金額の一〇〇倍に相当する一株当たり五万円で払込みを行い、また、一株当たりの発行価額が五万円であるスリーエス総研に対して右金額の二九倍に相当する一株当たり一四三万七五〇〇円で払込みを行っているが、右払込時において両社ともに債務超過状態にあり、このような高額の払込みを行う合理的な理由が認められない。
イ 本件一連の行為を構成する<１>本件子会社株式の取得及び<２>右子会社株式の譲渡は、本来、それぞれ、個別の目的・事情により行われる取引であるにもかかわらず、本件一連の行為があらかじめ一体のものとして仕組まれたものであることを示すものである。
ウ 本件子会社に対する増資払込資金の一部は、原告が本件子会社に対して有する貸付金の返済に充てられており、原告の払込み直後に原告に入金されているところ、杉山は、本件一連の行為は、本件子会社に対する原告の貸付金の含み損を実現損としたいと考え、また、他の手段ではグループ会社の信用上あるいは税務上問題があり困難と思われたことから実行したものである旨述べている。
(2) 原告が行った本件子会社株式の増資払込みを通常あるべき行為又は計算に引き直すと、本件子会社株式一株について払い込んだ金額は、本件子会社が債務超過の状態にあること及び商法上額面株式の発行価額はその券面額を下回ることができないことにかんがみれば、本件子会社の額面金額とするのが相当であり、その余の金額は、株式の増資払込みとは認められず何ら対価性のない金銭の支出となる。
右の通常あるべき行為又は計算に引き直した結果に対して法の規定を適用すると、右額面金額が、法施行令四一条の規定する増資により取得した株式の取得価額の計算の基礎となる「新株一株について払い込んだ金額」に該当し、また、その余の金額は、法三七条六項に規定する寄付金に該当する。
右を前提として、寄付金の損金算入額及び不算入額を算定し直し、有価証券売却損を減額し、本件事業年度に係る原告の法人税額を算出すると、別表１<略>の更正・賦課決定欄記載の金額となる。
（原告の主張）
（一） 被告は、額面金額である発行価額を超える払込金額を不当であるとして否認をしているが、発行価額を超える払込金額は何ら不当ではない。
（二） 有価証券の取得価格は、有価証券を譲渡した場合の譲渡原価の計算の基礎となるのであるから、税法は有価証券の取得の態様に応じて有価証券の取得価額を法定しているところ、法施行令三八条一項一号は、「払込みにより取得した有価証券」の取得価格は「その払い込んだ金額」であると規定している。そうすると、本件においても、額面金額を超える払込み余剰金（プレミアム）を含めた払込金額が取得価額になるというべきである。
被告は、本件子会社が債務超過であるのに額面金額の二九倍ないし一〇〇倍もの金額の払込みを行う点が極めて異常な取引形式であると主張するが、右のとおり、法人税の体系上、増資法人が債務超過であるとしても払込金額を取得価額にしなければならないのであって、本件一連の行為について法一三二条を適用して有価証券の取得価格が額面価格であってそれを超える払込金額は寄付金に該当するとしたことは違法である。
（三） 被告は、本件一連の行為について額面金額である発行価額を超える払込金額を不当であるとして否認している。
しかし、昭和二五年の商法改正によって無額面株式が導入される等によって資本と株式との関係が切断され、さらに、昭和五六年の商法改正によって、資本は額面株式についても原則として発行済株式の発行価額の総額とすることとし、ただ発行価額の二分の一以内の額であって額面を超過する額に限り資本に組入れないで資本準備金に算入することができるとされ（商法二八四条の二）、資本と株式の結節点は額面ではなく発行価額であることが明瞭となり、しかも発行価額は額面を超過することが法律上予定されている。したがって、発行価額は額面でなければならないとする被告の主張は現行法になじまない商法上の根拠を有しない主張であるというべきである。また、増資のために新株式を発行するに当たり、取締役会が決定する発行価額以上の金額が当該新株発行会社に払い込まれることは広く一般に行われていることであって、このことからも、発行価額を超える払込金額が不当であるとする被告の主張は認められない。
（四） 本件においては、払込金額が額面金額（発行価額）の二九倍ないし一〇〇倍であったが、これが異常であるとか不自然、不合理であるとかいうことはできない。
不自然、不合理であるか否かは法一三二条に照らし法人税を不当に減少させることになるか否かの観点から検討すべきであるが、この観点からすれば、本件更正処分の眼目は、原告による本件株式の取得価額に合理性はないという点につきるのであるから、原告の本件株式の取得価額が不当に高額であるかが問題なのであって、払込金額が額面ないし発行価額に比し高額であるか否かが問題となるのではない。
本件においては、原告の業務の一部を引き継いだ会社であり、原告として対外的に十分責任を果たすことが要請されていた本件子会社の純資産の改善のため、原告に対する借入金を返済する原資を必要としていたのであるから、返済資金に相当する金額を増資により取得する必要があったのであり、原告においては本件子会社を倒産させることなく不良債権化していた長期貸付金を回収する必要性に迫られていた。これを実現する法的手段としては、合併、評価損の計上、債権の放棄及び債権の売却等の方法が考えられるが、いずれの方法も、子会社の救済とならないことや税法上の問題があるために採用し難いものであり、結局、増資によって子会社に返済資金を提供して不良債権を回収することにより、不良債権という無価値物を株式という無価値物に振り替えた上、これを他に譲渡して含み損を実現させるほかなかったのである。このことからすると、このような手段を採ったことは、法一三二条にいう「不当に」という要件には該当しないのであり、原告が本件子会社に払い込んだ増資払込金額そのものには合理的な根拠があったというべきである。
増資払込金総額に合理性がある以上、増資払込金総額は新株式数と一株当たりの払込金額の積であるから、争点は、増資新株式の株数と一株当たりの払込金額の妥当性に帰着する。しかるに、払込金額の総額が決まっている以上は、全株所有の子会社であれば、増資発行株式数は可能な限り少数とし、他方、一株当たりの払込金額を大きくすることには合理性があるというべきである。すなわち、それにより、<１>増資に伴う登録免許税を節税することができること、<２>増資によって増加した資本金が六か月間の合計で五億円以上の場合は証券取引法により関東財務局に有価証券通知書の提出が義務付けられているところ、原告が採った方法によると一株当たりの払込額は五万円であるがそのうち資本金の増加は五〇〇円であるから、増加した資本金は一〇〇〇万円にすぎず、この手続が簡略化できること、<３>一株の払込額を五〇〇円とすると、例えばホロニックの場合、資本金が五億円増加したとする登記を行わなければならず、善意の第三者はホロニックを優良な会社として誤認してしまうおそれがあるが、原告が採った方法によるとかかる誤認を避けることができること、<４>法人都民税の均等割り課税を妥当な額とすることができること、<５>被告が主張するような方法によるとはじめから減資をしなければならない必要があるが原告が採った方法によると減資手続をする必要がないことから、原告が行った増資方法は、事務手続の省略と費用の節約、節税及びイメージダウンの回避を含む非常に合理的な増資方法であり、経済的合理性が認められるというべきである。
（五） 本件において、被告は、額面金額を超える払込金を寄付金に該当すると主張しているが、寄付金とは、経済的利益の贈与又は無償の供与であると定義され（法三七条六項）、無償性と支出性（支出性とは、法上の期中損益としての経済的利益の社外流出が伴うこと。）の二つの要素から構成されるところ、本件増資払込みは無償でもなく経済的利益の流出もない。
すなわち、増資払込みの反対給付として、本件子会社の株式を入手しているのであるから、無償でないことは明らかであり、増資払込みとして支出された金額と同額が直ちに原告に対する債務の返済として原告に還流されているのであるから、法上の期中損益としての経済的利益の社外流出は一切ないというべきである。
したがって、被告が、本件一連の行為について法一三二条を適用して有価証券の取得価格が額面価格であってそれを超える払込金額は寄付金に該当するとしたことは誤りというべきである。
２ 争点２（更正の理由の附記に不備があるかどうか）について
（被告の主張）
（一） 法の趣旨・要件
更正処分を大別すると、帳簿書類の記載を信用できないとして更正する場合（いわゆる帳簿否認）と、帳簿書類の記載を信用できないとするものではないが、帳簿書類の記載について納税者と法的な評価を異にして更正する場合（いわゆる評価否認）とに分けることができ、後者の評価否認の場合には、帳簿書類に記載された事実を前提に新たな法的評価を加えて更正する場合と帳簿書類の記載の前提となる法的評価の部分を否認して更正する場合とがある。
そして、帳簿否認をして更正する場合に更正通知書に附記すべき理由としては、単に更正に係る勘定科目とその金額を示すだけでなく、そのような更正をした根拠を帳簿記載以上に信憑力のある資料を摘示することによって具体的に明示することを要するが、評価否認をして更正をする場合においては、右の更正は納税者による帳簿の記載を覆すものではないから、更正通知書記載の更正の理由が、そのような更正をした根拠について帳簿記載以上に信憑力のある資料を摘示するものでないとしても、更正の根拠を更正処分庁の恣意の抑制及び不服申立ての便宜という理由附記制度の趣旨を充足する程度に具体的に明示するものである限り、法の要求する更正の理由附記として欠けることはないとされている。
（二） 本件の検討
本件更正処分に係る更正の理由附記においては、本件一連の行為の経緯について記載した上で、「甲社及び乙社の増資時における額面普通株式の払込金額のうち、発行価額を超える金額は甲社及び乙社に対する寄付金と認められますので、当該額面普通株式の譲渡原価は（中略）甲社の額面普通株式１８,０００,０００円、乙社の額面普通株式１，８７５,０００円となります」と記載され、その理由として、<１>本件一連の行為が正常な経済取引では到底行われないものであり、<２>本件一連の行為の結果原告の法人税負担を軽減することとなっているものと認められる、<３>したがって甲社の額面普通株式の増資払込金額のうち資本の払込みと認められる金額は八〇〇万円、乙社の額面普通株式の増資払込金額のうち資本の払込みと認められる金額は五〇〇万円であり、当該株式の払込金額のうち、右金額を超える部分は寄付金と認められる旨記載され、譲渡原価の計算根拠、寄付金の損金算入金額等が記載されている。
右のとおり、本件更正処分は、帳簿書類の記載の前提である本件一連の行為について納税者と法的な評価を異にして更正した場合であるから、いわゆる評価否認に当たるところ、更正の理由は、本件一連の行為について、正常な経済取引とは認められないこと、法人税の負担を軽減するものであることなどを理由とするものであることを示しており、処分庁の恣意抑制及び不服申立ての便宜という理由附記制度の趣旨目的を充足する程度に具体的に明示しているから、更正の理由附記として何ら欠けるところはない。
（原告の主張）
（一） 被告は、理由附記の程度を決する基準が帳簿否認であるか評価否認であるかによって異なるとするものであるが、この基準はあいまいであり基準たり得ない。理由附記の程度を決する基準は立証責任の所在の違いに求めるのが合理的である。なお、本件においては、原告の帳簿上は、「有価証券売却損」と記載されているものを被告は寄付金であると主張するのであるから、仮に被告の主張するような基準によったとしても、帳簿否認といわざるを得ない。
本件においては、更正処分について被告が立証責任を負うものであるから、更正理由は、特に帳簿書類の記載以上に信憑力のある資料を摘示して処分の具体的根拠を明らかにするところまで明示すべきである。しかるに、本件更正処分においては、右の程度まで理由が附記されていないのであるから、理由附記の不備の違法があるというべきである。
（二） また、右に述べた帳簿否認と評価否認の考え方をとるか立証責任による区別の考え方をとるかを問わず、同族会社の行為計算の否認による更正処分の場合には、法定要件（法一三二条）に該当することを理由としているのであるから、理由明示の要請は、青色申告書に係る更正に理由を付さなければならない要請（法一三〇条）以上に強い要請であると考えられる。なぜなら、課税庁は納税者の行為計算が法定要件に該当していると自ら主張しているからであり、加えて申告納税制度の下においては、更正は当該申告をする国税に関する法律の規定に従っていない場合に限って可能となる（国税通則法一六条一項一号）のに対し、同族会社の行為計算の否認は、当該行為計算が違法でない場合であっても可能であると考えられるからである。したがって、同族会社の行為計算の否認を理由とする更正処分における理由附記としては、なぜ同族会社の行為計算の否認規定に該当するかという理由が明示されなければならず、その理由は、最低限、論理的一貫性がなければならない。
本件では、更正の理由の<１>と<２>とでは、論理が逆転しており、前後矛盾する理由となっていて、これでは理由が附記されているということはできず、理由附記に不備のある違法なものというべきである。
３ 争点３（本件更正処分の納付すべき税額の計算の基礎となった事実が原告の確定申告に係る税額の基礎とされていなかったことについて国税通則法六五条四項の「正当な理由」があるかどうか）について
被告は、本件更正処分により納付すべき税額の計算の基礎となった事実が本件更正処分前の税額の計算の基礎とされなかったことについて国税通則法六五条四項に規定する「正当な理由」があるとは認められないと主張し、原告は、有価証券の取得価格は払込金額とすべきであるから、原告の確定申告に係る行為計算に不当性はなく、右の「正当な理由」があると主張する。
第三当裁判所の判断
一 争点１（本件一連の行為について法一三二条を適用して有価証券の取得価格が額面価格であってそれを超える払込金額は寄付金に該当するとしたことが適法かどうか）について
１ <証拠略>及び前記第二の一の前提となる事実を総合すると以下の事実が認められる。
（一） 原告の代表取締役である杉山は、昭和三九年に税理士業を独立開業した当初から、依頼者の資金繰りに関する助言に力を入れていたが、資金繰りに関する経営計画を手書きで作成すると時間がかかりすぎることから、これについてオフィスコンピューター用のソフトウエアを開発することとし、株式会社杉山会計センター（以下「杉山会計センター」という。）が日本オリベッティ（以下「オリベッティ」という。）に発注し、経営計画のソフトウエアの開発を行った。経営計画ソフトウエアの開発費が予定の数倍かかってしまったため、オリベッティは、開発費の一部を回収するために経営計画ソフトウエアを会計事務所に販売することを申入れ、杉山及び杉山会計センターは、これに応じ、経営計画ソフトウエアを販売することを仕事の中心とした。
経営計画ソフトウエアは、全国的に好評をもって受け入れられ、予想を大幅に上回る販売実績を上げたため、その営業権を個人名に冠していた杉山会計センターから原告に引き継ぎ、原告において経営計画ソフトウエアを販売することとした。また、経営計画ソフトウエアに続く二番目のソフトウエアとして個人の財産運用とタックスプランニング用のソフトウエアをオリベッティに発注して開発し、会計事務所に販売を行った。
原告は、コンピュータソフトウエアの開発、販売のほか、ソフトウエアのユーザーに対する研修や運用のフォローを行い、タックスプランニングを中心としたコンサルタントの業務を目的とし、さらに、増加したユーザーを集合した研修を担当する業務やベンチャー企業を支援する業務も実行すべく企画をしていたが、代表取締役が杉山一名であったこともあって、これらの業務を原告一社で担当することによって、原告の経営が非能率化することが考えられたことから、コンピュータ関係業務を子会社の別法人とするほか、新規の業務ははじめから別法人として設立するという方針を立てた。この結果、原告を中心としていくつもの企業が生まれ、ユーザーの会計事務所からは、一体の日本スリーエスグループと認識されていた。
（二） 分社化を進めるという経営の方針の下、平成四年一二月に、既に平成元年三月三一日にユニバーサル・エナジーとして設立されていた会社の商号をスリーエス総研と変更し、コンピューターソフトの開発、販売を行う会社とした。
原告においてソフトウエアを販売していた時点では、ソフトウエアの販売はかなりの利益を計上していたが、ソフトウエア部門をスリーエス総研として独立会社とした翌年の平成四年ころから、コンピューターのハードのスモール化（パソコン化）の波が急激に押し寄せ、ソフト業界は混乱し始めた。現在のパソコンでは、ハードメーカーに関係なく、単一のソフトウエアでどのハードにも使用することができるが、当時のオフコンでは、同じメーカーのハードであっても機種が異なるごとにソフトウエアも異なり、新機種に合わせたソフトウエアを開発したころに新たな機種が発表され、一億円近くの開発費がかかったソフトウエアを販売開始後まもなく廃棄し、新たな機種に合わせたソフトウエアの開発を始めなければならないこともあった。このため、平成四年ころから、コンピューター業界が大型、中型のハードからパソコンに転換していく数年間はソフトウエア会社は軒並み苦しい時期を過ごすことになった。
スリーエス総研においても、平成四年度から多額の経常赤字を計上し続け、原告からの借入金で資金繰りをしのいだが、売上額を上回る経常損失が発生し、債務超過となってしまった。スリーエス総研の平成四年一月一日から同年一二月三一日までの事業年度における財務内容は、別紙一<略>記載のとおりであり、平成五年一月一日から同年一二月三一日までの事業年度における財務内容は別紙二<略>記載のとおりである。また、暦年の財務内容の概略は別紙三<略>記載のとおりである。
（三） 原告は、既に昭和四四年七月九日に設立されていた株式会社みなづきの株式の全部を昭和五九年一月三一日に購入し、平成元年にその商号をホロニックと変更し、投資を目的とする子会社とした。
原告は、大和証券グループの提唱する大和理論が信用できるものであると考え、それを実証するために、大和ファイナンスから一〇億円の資金を借り入れ、大和投資顧問に委託した。しかしながら、株式が下落し、原告も数億円の含み損をかかえることになった。原告は、大和証券の意見に従い、株式を売却せずに維持することとしたが、持ち株を売却して売却損を計上することも持ち株を維持することも銀行に対して説明ができないため、平成二年に、持ち株と大和ファイナンスからの借入金をともに原告からホロニックに売却し、原告の財務内容が最悪の状態になることを回避した。ただし、一〇億円の大和ファイナンスからの借入金をホロニックが引き継いだ取引は、原告とホロニックの二者間のみの取引であり、大和ファイナンスがこれを承認していないので、原告は債務を免れたわけではない。
ホロニックの平成四年一月一日から同年一二月三一日までの事業年度における財務内容は、別紙四<略>記載のとおりであり、平成五年一月一日から同年一二月三一日までの事業年度における財務内容は、別紙五<略>記載のとおりである。また、暦年の財務内容の概略は別紙六<略>記載のとおりである。ただし、前記のとおり、ホロニックには、株式に係る含み損が存在していた。
（四） 右のとおり、原告は、分社化を図り、スリーエス総研は、原告の主力の収益部門であったソフトウエア事業を分離して引き継いだ会社であるが、平成四年から急激に赤字に転落してしまった。原告は、スリーエス総研が赤字に転落した原因は、コンピュータ業界全体の激変により生じた事態であり、赤字の補充責任は営業を引き継いでまもなく業界がこのような状態になった責任はスリーエス総研ではなく、それ以前に収益を計上していた原告にあると考え、また、スリーエス総研を倒産させれば、スリーエスグループの根幹ともいえるソフトウエアの開発、販売を担っているスリーエス総研の重要性からするとグループ全体の倒産は免れないと考えた。
また、ホロニックについても、原告が大和理論を信じ、大和ファイナンスからの借入金で行った投資が失敗に終わり、その損失が多額であり、原告にはこれを清算して大和ファイナンスへ返済する資金力もなかったため、持ち株を持続して回復を待つしかなかったが、その後にさらに株価が下落する可能性があったため、このリスクをホロニックにもたせたものであって、これも本来は原告が責任を負うべきものと考えていた。
そこで、原告は、スリーエス総研とホロニックに対し、その存続に必要な範囲で継続的に多額の融資を行った。
（五） 原告は、右のような本件子会社（スリーエス総研及びホロニック）の置かれている状況から、平成五年一二月ころまでには本件子会社への貸付金が相当な額に達しており、かつ、その回収には困難が伴うことから、右貸付金が不良債権化していると認識していた。原告の取引銀行から、これらの不良債権化している資産は早急に整理し体質を改善すべきであるとの意見を表明されたこともあって、原告としては、不良債権化していた本件子会社に対する貸付金を処理したいと考えていた。しかし、前述の本件子会社と原告との結び付きからすると、本件子会社を清算することもままならず、原告自体の財務内容も苦しく、貸付金を損金に算入しないで処理をするいわゆる有税償却によることは困難であった。
ところが、原告は、前記第二の一２のとおり、本件事業年度において相互タクシーとのコンサルティング契約による四億二〇〇〇万円の利益の発生が見込まれたため、原告は、本件事業年度において、本件子会社に対する貸付金を、損金に算入する形で処理するいわゆる無税償却を行おうと考えた。その無税償却の方法としては、単なる貸倒損失の計上や債権放棄によった場合には、損金に算入することが認められない可能性が高いと考え、本件一連の行為によって、有価証券売却損を計上することによって、本件子会社に対する貸付金を実質的に無税償却することとした。
原告は、前記第二の一３ないし８のとおり本件一連の行為を行い、本件子会社の増資に係る払込金を払い込み（その払込金額は、スリーエス総研について二億三〇〇〇万円、ホロニックについて五億円である。）、本件子会社の新株を取得し、同月中に、右増資払込金をもって、スリーエス総研から二億三〇〇〇万円、ホロニックから五億円の弁済を受け、かつ、セムヤーゼに対し、原告の保有するスリーエス総研の全株式である三六〇株を一株当たり一〇〇円、合計三万六〇〇〇円で、原告の保有するホロニックの全株式八万八〇〇〇株のうち三万三〇〇〇株を合計八万八〇〇〇円でそれぞれ譲渡した。なお、原告は当初、原告の保有するホロニックの株式の全部をセムヤーゼに売却する予定でいたが、全部を売却してしまうと、有価証券売却損が過大になり、原告の本件事業年度の決算が赤字となってしまうことから、三万三〇〇〇株を売却するにとどめたものであるが、売却価格自体は、当初八万八〇〇〇株を一株一円で売却するとして八万八〇〇〇円と算出していた売却価格をそのまま維持したものである。
（六） 原告は、本件事業年度の確定申告をするに当たり、本件子会社の株式の譲渡に係る有価証券売却損を計上した。その算出に当たっては、本件子会社の増資新株の取得価格を払込金額として計算して、有価証券売却損を計上したものである。
これに対し、被告は、法一三二条を適用し、本件子会社の増資新株の取得価格は発行額である額面金額であり、額面金額を超える払込金額は、寄付金に該当すると認定した上で、本件更正処分等を行った。
２ 以上の事実を前提に、被告が本件一連の行為について法一三二条を適用したことの適否について検討する。
（一） 原告は、本件事業年度においてコンサルティング収入が期待できることから、不良債権化していた本件子会社に対する貸付金を無税償却しようとして、本件一連の行為を行ったものであり、かかる事実は原告自身も認めるところである。
本件において、被告は、法一三二条を適用している。同条は、法人税の負担を不当に減少させる結果となることを要件としているが、原告は、本件子会社に対する貸付金について損金に算入することによって税額を軽減した上で償却する（無税償却）ことを目的として本件一連の行為を行っているところ、本件子会社に対する貸付金それ自体について（それ自体貸倒に該当すること等によって）損金を算入することができたのであれば、これに応じて本来負担すべき法人税額も減少していたというべきであるから、本件一連の行為によってこれと同一の結果を発生させたとしても、法人税の負担を不当に減少させる結果となるとはいえない。これに対し、そもそも損金に算入することができないものであったにもかかわらず本件一連の行為によって有価証券売却損を計上することによって損金に算入することとしたというのであれば、本件一連の行為によってはじめて法人税の負担を減少させる結果が生ずるのであるから、本件一連の行為が次に述べる法一三二条の要件に該当する場合には、同条に基づき行為又は計算を否認させることになるというべきである。
また、法一三二条は、同族会社等の行為又は計算で、これを容認した場合には法人税の負担を不当に減少させる結果となると認められるものがあるときは、その行為又は計算にかかわらず、税務署長の認めるところにより、その法人に係る法人税の課税標準若しくは欠損金額又は法人税の額を計算することができると規定しているところ、同条は、同族会社が少数の株主ないし社員によって支配されているため、当該会社又はその関係者の税負担を不当に減少させるような行為や計算が行われやすいことにかんがみ、税負担の公平を維持するため、そのような行為又は計算が行われた場合には、それを正常な行為又は計算に引き直して更正又は決定を行う権限を税務署長に認めたものであると解される。そして、右のような法一三二条の趣旨にかんがみるならば、同条の否認の対象となる行為又は計算とは、通常の経済人の行為として不合理、不自然な行為又は計算がこれに該当するものというべきである。
（二） 右のとおり、本件において、法一三二条の適用の要件となる法人税の負担を不当に減少させる結果となるかどうかの判断は、まず第一に、本件子会社に対する貸付金に相当する額を損金に算入することができるかにかかわることになるが、法上、各事業年度の所得の金額は、当該事業年度の益金の額から当該事業年度の損金の額を控除した金額とするものとされ（法二二条一項）、損金に該当するものは、<１>当該事業年度の収益に係る売上原価、完成工事原価その他これらに準ずる原価の額、<２>右<１>に掲げるもののほか、当該事業年度の販売費、一般管理費その他の費用の額、<３>当該事業年度の損失の額で資本等取引以外の取引に係るものであり（同条三項）、その額は一般に公正妥当と認められる会計処理の基準に従って計算されるものと規定されている（同条四項）。したがって、法人の有する金銭債権が回収不能になったことによる損失の額は、各事業年度の所得の計算上損金の額に算入されることとなる（法二二条三項三号）が、法三三条二項が、金銭債権について評価損の計上を禁止していることにかんがみると、金銭債権が回収不能になったとによって損金の額に算入することができるのは、金銭債権の全額が回収不能である場合に限られるものと解される。法基本通達九―六―二もこのことを明らかにしているものと解される。そして、回収不能になったものと認められるかどうかの判断については、債務者の資産状況その他の状況からみて、支払能力がなく、債権の回収が客観的に不能と認められる場合、すなわち、債務者において破産などの清算手続を経たが債権の全額が回収できなかった場合などのほか、これに準じ、債務者の負債及び資産状況、事業の性質、債権者と債務者との関係、債権者及び債務者が置かれている経済的状況等諸般の事情を総合的に考慮したときに、社会通念上債権の回収が不能であると認められる場合には、金銭債権が回収不能になったものとして、当該事業年度において損金に算入することができるものと解すべきである。
（三） これを本件についてみるに、当時税理士であった原告代表者自身も、本件子会社に対する貸付金を回収不能として損金に算入することはできないと考えていたことは<証拠略>から明らかであり、このことをとっても、右貸付金を回収不能とみることは困難であるが、念のため各子会社ごとに検討する。
まず、スリーエス総研については、本件一連の行為が行われた平成五年度の事業年度において、約一五〇万円の債務超過に陥っており、本件一連の行為による二億三〇〇〇万円の増資がなければ、さらに債務超過額は大きくなっていたものと考えられ、また、その前年（平成四年度）の事業年度においては、約六五〇〇万円の債務超過に陥っている。しかし、債務超過に陥ったのは平成四年度からであり、平成三年度には約一〇〇〇万円の所得を計上し、自己資本も約二五〇〇万円のプラスであったこと、平成四年度、平成五年度においても、それぞれ約二億二二五〇万円、約一億三六八〇万円の売上を計上していること、平成四年度、平成五年度において、債務超過となったのは、コンピュータのハードのスモール化が急激に押し寄せ、ソフトウエアの開発費がかさんだことに原因があり、ソフトウエア業界全体が混乱していたが、そのような時期を乗切れば、業績が回復することが見込まれたこと、別紙一<略>のとおり、平成四年一二月三一日現在において、負債の総額が一億二七七九万円余であるのに対して、流動資産として、現金預金が三五〇五万五二三九円、売掛金が一五一七万〇一一四円、棚卸資産が七五六万四六八〇円、未収入金が四二万七五二〇円、仮払金が一八五万四〇〇〇円、合計六〇〇七万一五五三円が計上され、固定資産として二一二万二一〇〇円が計上され、また、電話加入権として三六万七九六八円が計上されていること、別紙二<略>のとおり、平成五年一二月三一日現在において、負債の総額が六一五二万円余であるのに対して、流動資産として、現金預金が二八〇五万二三二七円、売掛金が八七一万七一〇四円、棚卸資産が一一三〇万〇三〇〇円、未収入金が二〇万円、合計四八二六万九七三一円が計上され、固定資産として一一四一万六二〇四円が計上され、また、電話加入権として四四万〇七六八円が計上されていることからすると、本件一連の行為が行われた平成五年一二月ころに、原告のスリーエス総研に対する貸付金の全額が社会通念上回収不能に陥っていたものと認めることはできない。
次に、ホロニックについてみるに、本件一連の行為が行われた平成五年度の事業年度において、自己資本が約四億五一六〇万円計上されているが、本件一連の行為による五億円の増資がなければ、債務超過に陥っていたものと考えられ、また、その前年（平成四年）の事業年度においては、約一億四四〇〇万円の債務超過に陥っている。しかし、債務超過に陥ったのは、平成四年度からであり、平成三年度までの財務内容は、平成元年度に約一億〇三八五万円、平成二年度に約一億〇五三〇万円、平成三年度に約一億一〇四〇万円の黒字であったこと（なお、ホロニックが、原告から、大和ファイナンスに係る債務を承継したのは平成二年度である。）、ホロニックは、株式に係る多額の含み損をかかえていて、利益に応じて、含み損を現実化していたこと、ホロニックのかかえる株式に係る含み損は、株式市場の動向によって左右されるものであるところ、株式市場の動向について、原告及びホロニックにおいて、さらに下落の一途をたどるものと考えていたとの形跡は認められないこと、別紙四<略>のとおり、平成四年一二月三一日現在において、負債の総額が一六億〇四〇〇万円余であるのに対して、流動資産として、現金が二万一五三一円、預金が五三九〇万〇二二七円、売掛金が一二六八万八二二九円、前渡金が四九三四万〇八七四円、短期貸付金が六三六万円、仮払金が二万円、未収入金が二八四七万九三四八円、立替金が三五五九万五七八九円、役員貸付金が四九七七万一三八六円、流動資産合計二億三六一七万七三八四円が計上されていること、固定資産として、建物二八九五万三三九一円、土地三二八二万円、投資有価証券などの投資等の固定資産が一一億六二〇四万七七一二円計上されていること、別紙五<略>のとおり、平成五年一二月三一日現在において、負債の総額が一二億三八二二万円余であるのに対して、流動資産として、現金が九万三五八九円、預金が二八七九万七〇五八円、売掛金が八七七八万九三三一円、前渡金が四九三四万〇八七四円、短期貸付金が四三六万円、仮払金が二万円、未収入金が三一九八万〇九八八円、立替金が四二〇〇万〇二八三円、役員貸付金が四九七七万一三八六円、流動資産合計二億九四一五万三五〇九円が計上されていること、固定資産として、建物二八九五万三三九一円、土地三二八二万円、投資有価証券などの投資等の固定資産が一三億三三九一万二五六三円計上されていること、右のうち、資産として計上されている投資有価証券には含み損があるものの、負債の大きな部分を占める大和ファイナンスからの借入れについては少なくとも債権者との関係では原告が支払義務を負うものであったことなどからすると、本件一連の行為が行われた平成五年一二月ころに、原告のホロニックに対する貸付金の全額が社会通念上回収不能に陥っていたものと認めることはできない。
右のとおり、原告の本件子会社に対する貸付金はいずれも回収不能とはいえず、損金に算入することはできないものであった。すなわち、原告は、本来損金に算入することができないものについて、本件一連の行為を行い、有価証券売却損という形を取ることによって、実質的に、本件子会社に対する貸付金を損金に算入する形で処理したものであるということになる。
そして、スリーエス総研は、本件一連の行為を行った平成五年度において債務超過状態であり、ホロニックについても、平成五年一二月三一日現在の財務内容をみれば、本件一連の行為を行った平成五年一二月の時点において債務超過状態であったことは明らかである。このように、債務超過状態である本件子会社の新株発行に際して、原告は、スリーエス総研について額面金額である発行価額が一株五万円であるにもかかわらず、その約二九倍にものぼる一株当たり約一四四万円、合計二億三〇〇〇万円の払込みをし、ホロニックについても額面金額である発行価額が一株五〇〇円であるにもかかわらず、その一〇〇倍にものぼる一株当たり五万円、合計五億円の払込みをしている。債務超過状態にあり、将来成長が確実に望めるというような特別の事情が認められるわけではない株式会社の新株発行に際して、額面金額である発行価額を大幅に超える払込みを行うのは、通常の経済人を基準とすれば合理性はなく、不自然・不合理な経済行為である。原告は子会社を救済する必要性、妥当性を指摘して右行為の合理性を主張するが、株式を取得する際にはそのような背景事情を捨象した株式自体の価値に着目して対価を決定するのが、税法の想定する通常の経済人を基準とした合理性のある行為と考えるべきである。そして、本件子会社が、原告が全株式を保有する同族会社であり、かつ、本件一連の行為によって、本来であれば損金に計上することのできない本件子会社に対する貸付金を有価証券売却損という形を取ることによって、損金に計上するという目的があったからこそ、右のような払込みが行われたものであるというべきである。
そうすると、本件子会社の新株の発行に際して、原告が、その対価として、スリーエス総研について一株当たり約一四四万円、合計二億三〇〇〇万円の払込みをした行為、及び、ホロニックについて一株当たり五万円、合計五億円の払込みをした行為は、いずれも、これを容認した場合には法人税の負担を不当に減少させる結果となると認められ、税務署長は、法一三二条によって右の行為を否認することができるものというべきである。
（四） そして、本件において、被告は、原告の右の行為を否認し、原告が行った本件子会社の株式の増資払込みを通常あるべき行為に引き直して、本件子会社の株式一株について払い込んだ金額は、株式の額面金額とするのが相当であり、その余の金額は、株式の増資払込みとは認められず、何ら対価性のない金銭の支出として寄付金に該当するとしている。本件においては、有価証券売却損を作出するために新株の客観的な価値を大幅に超える払込金額を払い込んでいることが経済的合理性を欠くものとして法一三二条の否認の対象とされているのであるから、被告（税務署長）としては、本件子会社の発行する新株一株当たりの客観的価値を把握し、その客観的価値をもって本件子会社の株式一株について払い込んだ金額とするのが正当と思われないでもないが、被告は、商法上、額面株式の発行価額はその券面額を下回ることができないとされていること（商法二〇二条二項）から、本件子会社の株式一株について払い込んだ金額は、株式の額面金額とするのが相当であるとしたものであること、本件子会社は、いずれも債務超過状態であり、将来成長が確実に望めるというような特別の事情も見当たらないのであって、その新株の価値は極めて低いと考えられることからすると、右の被告の認定が不合理であるということはできない。
（五） したがって、右のとおり法一三二条を適用したことは適法なものというべきである。
３ この点について、原告は、法一三二条を適用する際に、本件子会社の株式一株について払い込んだ金額を株式の額面金額とすることは、株式の額面金額と資本の関係を切断している現行の商法にそぐわない旨主張する。
しかし、右に述べたとおり、本件においては、そもそも価値のない本件子会社の新株に対して多額の払込みをすること自体が経済的合理性の認められない不自然・不合理な行為であって、法人税の負担を不当に減少させる結果となるものとして法一三二条の否認の対象とされているものである。そして、被告は、本件一連の行為について法一三二条を適用するに当たって、商法上、額面株式の発行価額はその券面額を下回ることができないとされていること（商法二〇二条二項）にかんがみて本件子会社の新株一株当たりの払込金額を株式の額面金額とするのが相当であるとして、額面金額を超えるものは寄付金に該当すると認定したものであって、右の商法の規定にかんがみると、被告の判断は相当であって、株式の額面金額と資本の関係を切断している現行の商法に合致しないとする原告の主張は採用することができない。
また、原告は、新株一株当たりの払込金額が問題となるのではなく、払込金総額が問題であり、被告のように本件子会社の株式一株について払い込んだ金額を株式の額面金額とするのであれば、新株の発行数を増加させて、一株当たりの払込金額を額面金額と一致させるまでであるが、そのような場合に比べて本件の方法は事務手続の省略と費用の節約等の点で経済的合理性が認められる旨主張する。
しかし、右に述べたとおり、本件では、そもそも価値のない本件子会社の新株に対して多額の払込みをすること自体が経済的合理性のない不自然・不合理な行為なのであるから、このことは、仮に新株の発行数を増加させて一株当たりの払込金額を額面金額と一致させたような場合にどのように考えるべきかといった問題とは関わりがないというほかなく、右の原告の主張は採用することができない。
さらに、原告は、増資払込みの反対給付として本件子会社の株式を入手しているのであるから、原告の本件子会社に対する払込金のうち額面金額を超える部分について寄付金とするのは誤りであると主張するが、被告は、本件子会社の新株一株について払い込んだ金額は、株式の額面金額であるとし、額面金額を超える部分については寄付金に該当すると認定したものであって、額面金額を超える部分については何ら対価がなくその部分については原告の経済的利益が社外に流出しているのであって、原告の右主張を採用することはできない。
なお、原告は、法施行令三八条一項一号によれば、払込みにより取得した有価証券の取得価額はその払い込んだ金額としなければならないのであるから、被告の本件更正処分は右の規定に反するものであると主張するようであるが、被告は、法一三二条を適用して、本件子会社の一株について払い込んだ金額は株式の額面金額であると認定しているのであるから、本件更正処分が法施行令三八条一項一号に反するものでないことは明らかである。
二 争点２（更正の理由の附記に不備があるかどうか）について
１ 法一三〇条二項が青色申告に係る法人税について更正をする場合には更正通知書に更正の理由を附記すべきものとしているのは、法が、青色申告制度を採用し、青色申告に係る所得の計算については、それが法定の帳簿組織による正当な記載に基づくものである以上、その帳簿の記載を無視して更正されることがないことを納税者に保障した趣旨にかんがみ、更正処分庁の判断の慎重、合理性を担保してその恣意を抑制するとともに、更正の理由を相手方に知らせて不服申立ての便宜を与える趣旨に出たものというべきである。したがって、帳簿書類の記載自体を否認して更正をする場合において更正通知書に附記すべき理由としては、単に更正に係る勘定科目とその金額を示すだけではなく、そのような更正をした根拠を帳簿記載以上に信憑力のある資料を摘示することによって具体的に明示することを要するが（最高裁昭和三六年（オ）第八四号同三八年五月三一日第二小法廷判決・民集一七巻四号六一七頁、同昭和五〇年（行ツ）第八四号同五四年四月一九日第一小法廷判決・民集三三巻三号三七九頁等）、帳簿書類の記載自体を否認することなしに更正をする場合においては、右の更正は納税者による帳簿の記載を覆すものではないから、更正通知書記載の更正の理由が、そのような更正をした根拠について帳簿記載以上に信憑力のある資料を摘示するものでないとしても、更正の根拠を前記の更正処分庁の恣意抑制及び不服申立ての便宜という理由附記制度の趣旨目的を充足する程度に具体的に明示するものである限り、法の要求する更正理由の附記として欠けるところはないと解するのが相当である（最高裁昭和五六年（行ツ）第三六号同六〇年四月二三日第三小法廷判決・民集三九巻三号八五〇頁）。
本件のように、法一三二条の規定により、同族会社の行為計算を否認するのは、同族会社の行った行為又は計算が存在し、それが私法上有効であっても、それが法人税の負担を不当に減少するものである場合には、その私法上の効力は否定しないまま、税法上の行為又は計算を通常あるべき行為又は計算に引き直して税額を算出するものである。すなわち、帳簿に記載されている事実関係については認めつつ、これが法人税の負担を不当に減少するものである場合に、ただその法的評価を納税者と異にし、税法上の行為又は計算を通常あるべき行為又は計算に引き直すものにすぎない。そうすると、右のような法一三〇条二項の趣旨及び帳簿の記載以上に信憑力のある資料を提示することが要求される場合とそこまでは要求されない場合との相違にかんがみると、本件のように法一三二条を適用して同族会社の行為又は計算を否認するような場合には、帳簿書類に記載された事実自体を否認するものではないから、帳簿以上に信憑力のある資料を摘示することまでは必要ではなく、そのような評価判断に至った過程自体（法人税の負担を不当に軽減する行為であって、法一三二条の否認の対象となる行為であること）について具体的に明示することによって、更正処分庁の恣意抑制及び不服申立ての便宜という法一三〇条二項の趣旨に合致するものというべきである。
２ これを本件についてみるに、<証拠略>によると、被告は、本件更正処分等の更正の理由として、本件一連の行為の事実関係を摘示した上で、「<１> 杉山賢一からの乙社（ホロニックのことである。）株式の無償譲受け、甲社（スリーエス総研のことである。）及び乙社の増資新株の引受及びこのように取得した甲社及び乙社の額面普通株式を株式会社セムヤーゼへ売却するという一連の行為は、平成５年１２月３日に相互タクシー株式会社と締結した「相互タクシーグループ活性化のためのコンサルティング契約に関する基本契約書」により顧問料収入として利益が発生することから、その利益を消去するために貴社の利益に見合う有価証券売却損を発生させることを目的としたものと認められます。更に時価が発行価額を下回るような増資法人の株式を発行価額を超える金額で引き受け払い込むことは、結果として自己の負担において増資法人の株主に利益を移転させる行為であり、正常な経済取引では到底行われないものですが、本件においてこのような増資払込みが可能であったのは、貴社が同族会社であり、かつ、貴社が１００％出資している等同族グループ間の取引であることによるものと認められます。」、「<２> 上記一連の行為は、同族グループを利用しての異常・不自然な行為であり、その結果不当に貴社の法人税負担を軽減することとなっているものと認められます。したがって、その原因となっている甲社及び乙社の額面普通株式に対する経済的合理性を著しく欠いた高額での増資払込金額のすべてを資本等取引として支出されたものと認めることはできません。」、「<３> 甲社の額面普通株式の増資払込金額２３０,０００,０００円（１,４３７,５００円×１６０株）のうち資本の払込みと認められる金額は、８,０００,０００円（５０,０００円×１６０株）、乙社の額面普通株式の増資払込金額５００,０００,０００円（５０,０００円×１０,０００株）のうち資本の払込みと認められる金額は、５,０００,０００円（５００円×１０,０００株）であり、当該金額を超える７１７,０００,０００円（甲社２２２,０００,０００円及び乙社４９５,０００,０００円の合計額）は、それぞれ甲社及び乙社に対して金銭を贈与したものと認められますので、寄付金に該当します。」と記載されていることが認められる。
被告は、右の<１>のとおり、本件一連の行為が、原告において本件利益が発生したことから、これを消去するために行われた行為であって、法人税の負担を不当に減少するものであることを明らかにし、<１>、<２>で、時価が発行価額を下回るような増資法人の株式を発行価額を超える金額で引き受け払い込むことは、通常経済人の行為として不自然、不合理な行為であるが、これは原告会社が同族会社であるから行われたものであって、法一三二条の否認の対象となる行為であることを明らかにしている。
右のとおり被告が附記した本件更正処分における理由は、評価判断に至った過程自体を具体的に明示するものであって、更正処分庁の恣意抑制及び不服申立ての便宜という法一三〇条二項の趣旨に合致するものというべきである。
３ この点について原告は、理由附記の程度を決する基準は立証責任の所在の違いに求めるのが合理的であって、本件においては、更正処分について被告が立証責任を負うものであるから、更正理由は、特に帳簿書類の記載以上に信憑力のある資料を摘示して処分の具体的根拠を明らかにするところまで明示すべきであると主張する。しかし、既に説示したとおり本件のように法一三二条を適用する場合には、帳簿に記載されている事実自体を否認するものではないのであるから、帳簿書類の記載以上に信憑力のある資料を摘示する必要性は認められず、右の原告の主張を採用することはできない。
また、原告は、更正理由の<１>と<２>が矛盾しているから、理由としての体をなしていない旨主張する。原告は、更正理由の<１>について、本件子会社には原告以外の株主が存在しないことから、他の株主に利益を移転することにはならず、したがって、本件子会社の新株に対して高額の払込みをすることは正常な取引行為であるということを前提として、<１>と<２>とが矛盾すると主張している。しかし、<１>においては、本件子会社に原告以外の株主が存在することを想定した表現が用いられていることは不適切というほかないものの、この部分の眼目は、右の点にあるのではなく、そもそも本件子会社の新株の発行に対して高額の払込みをすること自体が正常な取引行為ではなく、原告において有価証券売却損を発生させる目的があり、かつ、本件子会社が原告の一〇〇パーセント子会社であることから、右のような正常な取引行為ではないものが行われることになった旨を説明することにあると解されるのであるから、右の原告の主張は、更正理由を正解しないものであり、その前提において失当である。
４ 以上のとおり、本件更正処分において、更正の理由の附記に不備はないものというべきである。
三 争点３（本件更正処分の納付すべき税額の計算の基礎となった事実が原告の確定申告に係る税額の基礎とされていなかったことについて国税通則法六五条四項の「正当な理由」があるかどうか）について
原告は、有価証券の取得価格は払込金額とすべきであるから、原告の行為計算に不当性はなく、したがって、国税通則法六五条四項の「正当な理由」が認められ、本件賦課決定処分は違法である旨主張する。
原告は、法施行令三八条一項一号において、払込みにより取得した有価証券の取得価額はその払い込んだ金額とする旨の規定があるところ、原告は、有価証券売却損を計上するに当たって、その取得価額を払込金額としているのであるから正当な理由が認められると主張するものと解される。しかし、本件においては、本件子会社の新株の発行に対する払込額が過大であり、これが法人税の負担を不当に軽減するものであるとして、被告が法一三二条を適用し、本件子会社の新株一株について払い込んだ金額は、株式の額面金額とし、それを超える金額は寄付金に該当すると認定したものであって、法施行令三八条一項一号が右のように規定しているからといって、原告が、本件子会社の新株の取得価額を払込金額としたことについて正当な理由があるということはできない。
そして、前記一１（五）のとおり、原告は、本件子会社に対する貸付金を実質的に無税償却するために本件一連の行為を行うこととしたことが認められ、また、原告代表者尋問の結果によれば、貸倒損失の計上や債権放棄による損金の算入については、税務上これが認められないであろうと考えて、本件一連の行為によって有価証券売却損を計上することによって、実質的に本件子会社に対する貸付金を無税償却しようとしたものであることが認められる。
右のとおり、原告は、本件子会社に対する貸付金の回収不能を損金に算入することができないことを認識しつつ、これを損金に算入するために本件一連の行為を行い、本件子会社の新株の取得価額を払込金額としたものであるから、国税通則法六五条四項の「正当な理由」があるものとは認められない。
第四結論
よって、原告の本件請求は理由がないから、これを棄却することとし、訴訟費用の負担について、行政事件訴訟法七条、民事訴訟法六一条を適用して、主文のとおり判決する。
（裁判官 藤山雅行 谷口豊 加藤聡）
（別表１ないし７<略>）
（別紙一ないし六<略>）